El eje Amazonas cubre casi 1.000 millas de la cuenca amazónica, de la costa Pacífica a la Atlántica. Incluye partes de Brasil, Colombia, Ecuador y Perú así como el Río Amazona y la mayoría de sus principales afluentes. Cuenta con un área de 4.500 millones de kilómetros cuadrados y aproximadamente 52 millones de habitantes. Contiene casi la mitad del total de la diversidad biológica mundial y entre el 15 y 20 por ciento del abastecimiento de agua pura.
Actualmente, el eje amazónico contiene 54 proyectos IIRSA, divididos en 7 grupos de proyectos, la mayoría de los cuales están organizados alrededor de vertientes de los afluentes del Río Amazona. Se caracteriza por la gran cantidad de transporte fluvial, construcción de puertos y proyectos hidroeléctricos.
Se supone que este sistema de transporte debe conectar las costas Atlánticas y Pacíficas atravesando los ríos Huallaga, Marañón, Ucayali y Amazona en Perú; el Putumayo y Napo en Ecuador; el Putumayo en Colombia; y el Iça, Solimões y Amazona en Brasil cubriendo más de 6.000 km de vías fluviales navegables. De esta manera, defensores de IIRSA esperan incrementar el movimiento e intercambio de productos a través del eje amazónico –y de recursos naturales fuera del mismo.
Existe cierta preocupación acerca de la implementación de estos proyectos. Se teme que los mismos puedan llegar a acelerar la deforestación masiva, la extracción de recursos naturales no renovables, la contaminación, la destrucción de culturas y subsistencia de pueblos indígenas y la extinción de especies en el eje amazónico.