El transporte es el corazón de la iniciativa IIRSA. Si bien la gran mayoría de los proyectos IIRSA incluyen algún tipo de transporte, se dividen aquí en tres áreas principales a modo de explicar y simplificar la iniciativa: Transporte Aéreo, Transporte Marítimo y Transporte Multi-modal.
Los proyectos de transporte aéreo tienen que ver principalmente con la infraestructura, la capacidad y/o el manejo de aeropuertos y pistas. Existen proyectos para agrandar los aeropuertos viejos y sus servicios afines, para construir nuevos aeropuertos y para otorgar concesiones de aeropuertos previamente estatales a ciertos intereses del sector privado. Este sub-sector representa solo un porcentaje pequeño de todos los proyectos y las inversiones de IIRSA relacionados al transporte.
Los proyectos de transporte marítimo se relacionan principalmente a la extensión, renovación y privatización de puertos marítimos, así como a la harmonización de los reglamentos que regulan el comercio marítimo internacional. Este sub-sector representa el principal modo de exportación e importación de productos en el continente.
Los proyectos de transporte multi-modal incluyen proyectos de carreteras, ferrocarriles y puertos fluviales, los cuales se relacionan entre sí a través de grupos o sistemas de proyectos que tienen como objetivo la facilitación del transporte de productos, personas y recursos naturales por todo el continente. Dichos proyectos incluyen la renovación, creación y/o privatización de sistemas transnacionales de carretera y ferrocarril, el dragado y la alteración de ríos para el transporte de gran carga, y la construcción de puertos fluviales. Los mismos están altamente integrados entre sí, así como con los proyectos de aeropuerto y puertos marítimos de IIRSA y otros proyectos sectoriales.